Kota Balikpapan memiliki wilayah 85% berbukit-bukit serta 12% berupa daerah datar yang sempit yang terutama berada di Daerah Aliran Sungai (DAS) dan sungai kecil serta pesisir pantai. Dengan kondisi tanah yang bersifat asam (gambut) serta dominan tanah merah yang kurang subur. Sebagaimana layaknya wilayah lain di Indonesia, kota ini juga beriklim tropis. Kota ini berada di pesisir timur Kalimantan yang langsung berbatasan degan Selat Makassar, memiliki teluk yang dapat dimanfaatkan sebagai pelabuhan laut komersial dan pelabuhan minyak.
Batas wilayah
Letak astronomis Kota Balikpapan berada di antara 1,0 LS - 1,5 LS dan 116,5 BT - 117,5 dengan luas sekitar 50.330 ha atau sekitar 503,3 km² dengan batas-batas wilayah sebagai berikut:
Utara :
Kabupaten Kutai Kartanegara
Selatan :
Selat Makassar
Barat :
Kabupaten Penajam Paser Utara
Timur :
Selat Makassar
