Kecamatan
Dengan diberlakukannya Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 38 Tahun 1996, maka sejak 24 Februari 1997 Kota Balikpapan resmi dimekarkan dari 3 (tiga) kecamatan, yakni:
- Kecamatan Balikpapan Barat
- Kecamatan Balikpapan Utara
- Kecamatan Balikpapan Timur
Menjadi 5 (lima) Kecamatan yaitu:
- Kecamatan Balikpapan Timur
- Kecamatan Balikpapan Selatan
- Kecamatan Balikpapan Tengah
- Kecamatan Balikpapan Utara
- Kecamatan Balikpapan Barat
Kelurahan
Sehubungan dengan pemekaran wilayah kecamatan tersebut, maka melalui Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Kalimantan Timur No. 19 Tahun 1996, maka sejak tanggal 15 Oktober 1996 ditetapkan 7 (tujuh) kelurahan persiapan menjadi kelurahan definitif dan pada tanggal 17 Mei 1996 ditetapkan pula melalui Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Kalimantan Timur perubahan status Desa Manggar Baru menjadi Kelurahan Manggar Baru secara definitif. Dengan demikian maka pada saat ini wilayah Kota Balikpapan terdiri dari 27 (dua puluh tujuh) kelurahan, yaitu:
- Manggar, suatu daerah di kota Balikpapan yang merupakan kawasan pantai sehingga penduduknya bermata pencarian sebagai nelayan.
- Manggar Baru
- Lamaru
- Teritip, juga merupakan daerah pantai yang berada di sebelah timur Balikpapan. Di wilayah tersebut hutannya masih sangat alami dan masih ada hewan-hewan yang dilindungi karena sudah hampir punah. Di Teritip juga banyak terdapat tanaman buah, terutama rambutan, cempedak, kecapi dan masih banyak yang lain.
- Prapatan
- Klandasan Ulu
- Klandasan Ilir
- Damai
- Gunung Bahagia
- Sepinggan, terletak di jantung kota yang menghubungkan antara Balikpapan dengan Samarinda. Di daerah ini terdapat Bandar Udara Internasional Sepinggan, dan Pasar Sepinggan. Di sekitarnya juga terdapat perumahan Ring Road. Di sana banyak sekali fasilitas seperti kolam renang, lapangan golf, tempat bermain anak-anak dan lain sebagainya.
- Gunung Sari Ilir
- Gunung Sari Ulu
- Mekar Sari
- Karang Rejo
- Sumber Rejo
- Karang Jati
- Gunung Samarinda
- Muara Rapak
- Batu Ampar
- Karang Joang
- Baru Ilir
- Margo Mulyo
- Marga Sari
- Baru Tengah
- Baru Ulu
- Kariangau
- Tegal Sari
Dari 27 kelurahan tersebut terdapat 369 RW dan 1.143 RT. Ini berarti bahwa jumlah RW sebelum dan sesudah pemekaran tidak berubah, sedangkan RT mengalami penambahan sebanyak 62 buah sehingga berubah dari jumlah 1.081 menjadi 1.143 RT.