Perekonomian kota ini bertumpu pada sektor industri yang didominasi oleh industri minyak dan gas, perdagangan dan jasa. Kota ini memiliki bandar udara berskala internasional, yakni Bandara Sepinggan serta Pelabuhan Semayang selain pelabuhan minyak yang dimiliki Pertamina.
Dengan semakin tumbuhnya perekonomian terutama sejak diberlakukannya otonomi daerah, kota ini terus dibanjiri oleh pendatang dari berbagai daerah, sehingga pemerintah kotamadya memberlakukan operasi kependudukan berupa operasi Kartu Tanda Penduduk. Penduduk terutama dari etnis pendatang yang sudah lama menetap di Balikpapan yakni berasal dari etnis Jawa Timur, Banjar, Bugis, Makassar kemudian pendatang lain yang di antaranya beretnis Madura, Manado, Gorontalo, Jawa, Sunda dan lain-lain. Selain dibanjiri oleh banyak pendatang, banyak perusahan-perusahaan asing dan lokal yang berinvestasi di Balikpapan. Hal ini semakin membuat Kota Balikpapan sebagai kota yang paling maju di Kalimantan, khususnya Kalimantan Timur.
