Balikpapan adalah berstatus sebagai kota dengan walikota sebagai kepala daerah dan DPRD sebagai legistatif serta memiliki perlengkapan pemerintahan dan aparatur pemerintah seperti Kepolisian, Kejaksaan Negeri, Rumah Tahanan dan Lembaga Permasyarakatan serta Pengadilan Negeri. Selain itu Balikpapan menjadi pusat pemerintahan untuk wilayah Kalimantan Timur dan Kalimantan. Tercatat diantaranya kantor POLDA (Kepolisian Daerah) Kalimantan Timur dan Kejaksaan Tinggi berpusat disini. Serta markas besar Angkatan Darat, yakni Komando Daerah Militer (KODAM) VI Mulawarman yang memiliki daerah operasi seluruh wilayah Kalimantan berpusat di kota ini. KODAM yang memiliki motto "Gawi Manuntung Waja Sampai Kaputing" merupakan satu-satunya KODAM yang berpusat di kota, bukan ibu kota provinsi.
Walikota
Berikut adalah nama-nama pejabat walikota Balikpapan:
- H.A.R.S. Muhammad (1960 - 1963)
- Mayor TNI AD Bambang Soetikno (1963 - 1965)
- Mayor TNI AD Imat Saili (1965 - 1967)
- Mayor POL. Zainal Arifin (1967 - 1973)
- Letkol. Pol. H.M. Asnawi Arbain (1974 - 1981)
- Kol. CZI. TNI AD Syarifudin Yoes (1981 - 1989)
- H. Hermain Okol (sebagai Pelaksana Walikota) (1989 - 1991)
- Kol. Inf. H. Tjutjup Suparna (1991 - Juni 2001)
- Imdaad Hamid (Juni 2001 - kini)
